最近の研究成果

分子情報システム研究室　研究成果（2004〜）

    2010

    ・ Yoshimasa Takahashi, Hiroshi Maruno, Kazutaka Yoshimaru, Kentaro Kawai,Molecular Evolutionary Programming for Drug Discovery, Pacifichem 2010,Honolulu, Hawaii, 2010

    ・ 丸野裕史, 高橋由雅, "進化計算を用いた新薬候補構造の骨格デザインに関する研究", 第38回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.48-49, 2010.10.

    ・ Phan Thieu Van, 高橋由雅, "薬物類似構造探索におけるデータ探索手法の比較", 第38回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.132-135, 2010.10.

    ・ 大山美香, 高橋由雅, "ChIN日本語ポータル: 国内化学データベース情報の収集とサブポータルの実装", 第33回情報化学討論会要旨集, pp.16-17, (2010.10).

    ・ Yoshimasa Takahashi and Kyohei Nomura and , "Making a Network of Simple Graph Isomorphic Molecular Frameworks and Structure Data Mining of Drugs", The 18th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships (Euro-QSAR2010), P I-30 (Sep. 19-24, Rhodes, Greece 2010)

    ・ 丸野裕史, 高橋由雅, "単純グラフ同型な新規薬物骨格デザインのための分子進化プログラミング", 2010年度人工知能学会全国大会（第24回）論文集, 2D3-2 (2010.6).

    ・ 河合健太郎，高橋由雅，”サポートベクターマシンによる高血圧治療薬のバーチャルスク リーニング”，J. Comput. Chem. Jpn., Vol.9, pp.167-176 (2010).

    2009

    ・ Kentaro Kawai, Yoshimasa Takahashi, Identification of the Dual Action Antihypertensive Drugs Using TFS-Based Support Vector Machines, Chem-Bio Informatics Journal, 9, pp.41-51 (2009).

    ・ Takeshi Teramoto, Yoshimasa Takahashi, Instance-based NTG Network for Drug Molecular Graphs and Its Application, Proc. 37th Symposium on Structure-Activity Relationships, pp.107-108, 2009.11.

    ・ Kyohei Nomura, Sora Ohtaguro, Yoshimasa Takahashi, Structure Data Mining of Drugs Using NTG Network of Simple Graph Isomorphic Molecular Frameworks, Proc. 37th Symposium on Structure-Activity Relationships, pp.23-24, 2009.11.

    ・ 加納正章, 藤島悟志, 高橋由雅, "分子グラフの簡易マイニングにおけるパスフラグメント表現の拡張", 2009年度人工知能学会全国大会（第23回）論文集, 3C2-4 (2009.6).

    ・ 寺本岳史, 高橋由雅, "多様な分子フレームワークを有する薬物分子のNTGネットワーク", 2009年度人工知能学会全国大会（第23回）論文集, 2C2-3 (2009.6).

    ・ 野村京平, 大田黒空, 高橋由雅, "単純グラフ同型なフレームワークを有する薬物分子のNTGネットワーク", 2009年度人工知能学会全国大会（第23回）論文集, 2C1-2 (2009.6).

    ・ 太田黒空, 高橋由雅, "分子グラフにおける構造差異の定量的表現", 人工知能学会 データマイニングと統計数理研究会 (JSAI SIG-DMSM) （第９回）, 京都,　人工知能学会研究会資料, SIG-DMSM - A803 - 17, pp.121-124, 2009.3.3.

    2008

    ・ 高橋由雅, 河合健太郎, "SVMを用いた薬物多重活性クラスの分類学習と予測", 生物工学会誌, 第86巻, 第12号, pp.589-592 (2008).

    ・ Kentaro kawai and Yoshimasa Takahashi, "Application of the TFS-Based Support Vector Machines to in-silico Screening Strategy", 8th Japan-China Joint Symposium, pp.54-55 (2008.11).

    ・ 藤島悟志, 河合健太郎, 高橋由雅, "Development of a Software Tool for Pharmacological Activity Prediction by using Collective SVM Models", 第36回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.33-34 (2008.11).

    ・ 勝田隆弘, 高橋由雅, "Making a Relational Dictionary for NTG Removal Graph and Biological Action of Drug Molecules", 第36回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.65-66 (2008.11).

    ・ Kentaro Kawai and Yoshimasa Takahashi, "Computational Identification of Antihypertensive Drugs and their Types of Action from Chemical Database Using TFS-Based Support Vector Machines", The 17th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships & Omics Technologies and Systems Biology (Euro-QSAR2008), (Sep. 21-26, Uppsala, Sweden 2008).

    ・ Satoshi Fujishima and Yoshimasa Takahashi, "Quick Mining for Molecular Graphs Based on Path Fragments Labeled by Hetero Atoms and Its Application to Structure-Activity Study", The 17th European Symposium on Quantitative Structure-Activity Relationships & Omics Technologies and Systems Biology (Euro-QSAR2008), (Sep. 21-26, Uppsala, Sweden 2008).

    ・ Yoshimasa Takahashi, Kazusa Noto, and Ryo Kuribayashi, "Making a structure-activity dictionary based on non-terminal vertex graph (NTG)", Eighth International Conference on Mathematical Chemistry & Fifth Indo-US Workshop on Mathematical Chemistry,　pp.O-11, (Jun. 22-27, 2008, Duluth, Minesota).

    ・ Kentaro Kawai, Satoshi Fujishima, and Yoshimasa Takahashi, "Predictive Activity Profiling of Drugs by Topological-Fragment-Spectra-Based Support Vector Machines", J. Chem. Inf. Model., 48 No.6, pp.1152-1160 June (2008).

    ・ Satoshi Fujishima, Yoshimasa Takahashi, and Takashi Okada, "Pharmacophore Refinement in the Chemical Structure Space", J. Comput. Chem. Jpn., 7 No.2, pp.63-70 June (2008).

    ・ 能登上総, 高橋由雅, "創薬候補構造設計のためのNTG知識ベースの開発", 2008年度人工知能学会全国大会（第22回）論文集, 2P2-13 (2008.6).

    ・ 吉丸和孝, 河合健太郎, 高橋由雅, "進化的プログラミングを用いた創薬候補化学構造の創出", 2008年度人工知能学会全国大会（第22回）論文集, 3H2-4 (2008.6).

    ・ 藤島悟志, 高橋由雅, "ヘテロ原子に注目したパスフラグメントによる分子グラフの簡易マイニング", 第6回データマイニングと統計数理研究会要旨集, pp.35-40, (2008.2).

    2007

    ・ Satoshi Fujishima, Yoshimasa Takahashi, Katsumi Nishikoori, Hiroaki Kato, and Takashi Okada, "Extended Study of the Classification of Dopamine Receptor Agonists and Antagonists using a TFS-based Support Vector Machine", New Generation Computing, Vol.25 pp.203-212 (2007).

    ・ Satosh Fujishima, Yoshimasa Takahashi, Takashi Okada, "Pharmacophore Knowlede Refinement in the Chemical Structure Space", Discovery Science 2007, LNAI 4755, Springer-Verlag, pp.243-247 (2007.10).

    ・ Hiroaki Kato, Takashi Koshika, Yoshimasa Takahashi, and Hidetsugu Abe, "Mining of Three-Dimensional Structural Fragments in Drug Molecules", New Frontiers in Artificial Intelligence, LNAI 3609, Springer-Verlag, pp.538-545 (2007).

    ・ Hiroaki Kato, Shigeru Yoshida, and Yoshimasa Takahashi, "Three-dimensional structural similarity search of molecules based on Geometrical Fragment Spectra", 2007 Annual Meeting of CBI Society, pp.103-103 (2007).

    ・ 熊谷正雪, 藤島悟志, 高橋由雅, "根つき最小全域木（MST）を利用した化学構造の類似性検索", 2007年度人工知能学会全国大会（第21回）論文集, 3F7-3 (2007.6).

    ・ 藤島悟志, 高橋由雅, 岡田孝, "ヘテロ原子に注目したパスフラグメントによる化学構造データマイニング", 2007年度人工知能学会全国大会（第21回）論文集, 3F7-4 (2007.6).

    ・ 西野達也, 藤島悟志, 高橋由雅, "構造類似性に基づくActive QSARモデリング", 2007年度人工知能学会全国大会（第21回）論文集, 3D7-4 (2007.6).

    ・ 河合健太郎, 藤島悟志, 高橋由雅, "多クラスSVMを用いた薬物の活性予測システム", 2007年度人工知能学会全国大会（第21回）論文集, 3D7-5 (2007.6).

    ・ 大森紀人, 藤島悟志, 森幸雄, 堀川袷志, 山川眞透, 岡田孝, "活性構造知識ベース構築とそのソフトウェア基盤", 第30回情報化学討論会, pp.13-14, SAR2007 第35回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.21-22, 共通セッション, (2007.11).

    ・ 大村隆晴, 岡田孝, 藤島悟志, "モチーフ構造適合度マップの構築", SAR2007 第35回構造活性相関シンポジウム, (2007.11).

    ・ 河合健太郎, 藤島悟志, 高橋由雅, "100クラスSVMによる薬物の活性クラス分類", SAR2007 第35回構造活性相関シンポジウム, (2007.11).

    ・ 熊谷正雪, 藤島悟志, 高橋由雅, "MST部分木を利用した類似空間検索と薬物構造データベース検索への応用", SAR2007 第35回構造活性相関シンポジウム, (2007.11).

    ・ 川添智久, 吉田雄, 木曽祥秋, 高橋由雅, 坪井孝緒, 日勉, 平野新一, 河村博年, "廃水処理施設流入水中のBOD予測に関する研究", SAR2007 第35回構造活性相関シンポジウム, (2007.11).

    ・ 重黒木隼, 藤島悟志, Xiaoxia Li, 高橋由雅, "ChIN (Chemical Information Network) 日本語ポータルサイトの構築", 第30回情報化学討論会, (2007.11).

    2006

    ・ Socrates Alikhanidi and Yoshimasa Takahashi, "New Molecular Fragmental Descriptors and Their Application to the Prediction of Fish Toxicity", MATCH, 55, pp.205-232 (2006).

    ・ 藤島悟志, 岡田孝, 高橋由雅, "特徴的リード構造抽出のための部分構造精錬システムの開発", 第34回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.37-38 (2006).

    ・ 渡邊旬, 藤島悟志, 高橋由雅, "SOMによる高次元構造特徴空間の可視化と合理的な初期マップ生成", 第34回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.155-158 (2006).

    ・ 栗林滝, 藤島悟志, 高橋由雅, "NTGの階層関係を利用した薬物構造データマイニング", 第34回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.159-162 (2006).

    ・ 栗林滝, 高橋由雅, "NTGを利用した薬物分子グラフマイニングのための知識ベースの構築と活性推定への応用", 2006年度人工知能学会全国大会（第20回）論文集, 1A2-1 (2006).

    ・ 渡邊旬, 高橋由雅, "索引層を用いたSOMの学習高速化：初期マップ生成アルゴリズムの改良", 2006年度人工知能学会全国大会（第20回）論文集, 2A1-3 (2006).

    ・ 寺西央志, 高橋由雅, "分子ミュージック", 2006年度人工知能学会全国大会（第20回）論文集, 3G3-5 (2006)

    ・ 藤島悟志, 岡田孝, "化合物の線形フラグメントに基づいた特徴的リード構造抽出システムの開発", 2006年度人工知能学会全国大会（第20回）論文集, 3A3-1 (2006).

    ・ 藤島悟志, 岡田孝, "化合物の特徴的リード構造洗練による知識抽出システムの開発", 第12回関西機械学習・統計研究会 (2006).

    2005

    ・ 岡田孝, 高橋由雅, "アクティブマイニングによるリスク分子の発見", 人工知能学会誌, Vol.20, pp.211-218 (2005).

    ・ Yoshimasa Takahashi, Katsumi Nishikoori and Satoshi Fujishima, "Classification of Pharmacological Activity of Drugs Using Support Vector Machine", LNCS3430, Springer, pp.303-311 (2005).

    ・ Yoshimasa Takahashi, Satoshi Fujishima, Katsumi Nishikoori, Hiroaki Kato, and Takashi Okada, "Identification of dopamine D1 receptor agonists and antagonists under existing noise compounds by TFS-based ANN and SVM", J. Comput. Chem. Jpn., Vol.4, pp.43-48 (2005).

    ・ 加藤博明、近松信一、高橋由雅、阿部英次, "グリシンフィルタ縮約表現に基づくタンパク質 三次元構造データマイニング", J. Comput. Chem. Jpn., Vol.4, No.2, pp.33-42 (2005).

    ・ 和田雅宏, 高橋由雅, "NTGにもとづく骨格構造を優先した類似性検索", 第33回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.139-142 (2005).

    ・ 藤島悟志, 高橋由雅, "化学構造のTFS表現に対する特徴抽出と薬物活性クラス分類", 2005年度人工知能学会全国大会（第19回）論文集, 1F1-03 (2005).

    ・ 中場優佑, 高橋由雅, "化学構造のTFS表現を用いたSVMによる薬物活性クラス分類", 2005年度人工知能学会全国大会（第19回）論文集, 1F1-04 (2005).

    ・ 和田雅宏, 高橋由雅, "骨格類似性を優先した分子構造の類似性評価", 2005年度人工知能学会全国大会（第19回）論文集, 1F1-01 (2005).

    ・ 加藤博明, 内村尚弘, 高橋由雅, 阿部英次, "タンパク質三次元モチーフ辞書の構築と構造データマイニング", アクティブマイニングによる化学構造からの知識発見ワークショップ, pp.45-48 (2005).

    ・ 高橋由雅, 加藤博明, 藤島悟志, "化学構造の類似性にもとづく薬物活性クラス分類とリスクレポート", アクティブマイニングによる化学構造からの知識発見ワークショップ, pp.33-37 (2005).

    2004

    ・ Yoshimasa Takahashi, Satoshi Fujishima, Katsumi Nishikoori, Hiroaki Kato, Takashi Okada, "Extended Study on Identification of Active Classes of Drugs by TFS-based Support Vector Machine with Large Data", Joint Workshop of Vietnamese Society of AI , SIGKBS-JSAI , ICS-IPSJ and IEICE-SIGAI on Active Mining, pp.165-168, (2004).

    ・ Yoshimasa Takahashi, "Chemical Data Mining Based on Non-terminal Vertex Graph", IEEE International Conference on Systems, Man and Cybernetics 2004, pp.???-??? (2004).

    ・ Hiroaki Kato, Takashi Koshika, Yoshimasa Takahashi, Hidetsugu Abe, "Development of a Three-Dimensional Structural Fragment Search Program for Drug Molecules", 6th Australia/Japan Symposium on Drug Design and Development, P10, p.57 (2004).

    ・ Hiroaki Kato, Takashi Koshika, Yoshimasa Takahashi, Hidetsugu Abe, "Mining of Three-Dimensional Structural Fragments in Drug Molecules", Proceedings of Third International Workshop on Active Mining, pp.103-110 (2004).

    ・ Satoshi Fujishima and Yoshimasa Takahashi, "Classification of Pharmacological Activity of Drugs using TFS-Based Artificial Neural Network", J. Chem. Inf. Comput. Sci., Vol.44, pp.1006-1009 (2004).

    ・ Yoshimasa Takahashi, Satoshi Fujishima, Katsumi Nishikoori, Hiroaki Kato and Takashi Okada, "Identification of Activity Classes of Drugs under Existing Noise Compounds by ANN and SVM", Proceedings of Third International Workshop on Active Mining (in Conjunction with The 18th Annual Conference of JSAI 2004), pp.93-101, (2004).

    ・ 藤島悟志, 高橋由雅, "化学構造データマイニングのためのTFSピーク同定システムの開発", J. Comput. Chem. Jpn., Vol.3, pp.49-58 (2004).

    ・ 加藤博明、宮田博之、内村尚弘、高橋由雅、阿部英次, "タンパク質三次元モチーフ辞書構築支援ツールの開発", J. Comput. Chem. Jpn., Vol.3, No.4, pp.137-144 (2004).

    ・ 藤島悟志, 錦織克美, 加藤博明, 岡田孝, 高橋由雅, "ノイズデータを含むドーパミン受容体アゴニス ト/アンタゴニストの活性クラス分類", 人工知能学会 第64回知識ベースシステム研究会要旨集, pp.125-128 (2004).

    ・ 加藤博明, 小鹿貴史, 高橋由雅, 阿部英次, "薬物分子の三次元特徴フラグメント探索", 人工知能学会 第64回知識ベースシステム研究会要旨集, pp.129-132 (2004).

    ・ 青木寛人, 高橋由雅, "Non-terminal vertex graph(NTG)を利用した薬物構造データマイニングツールの開発", 第32回構造活性相関シンポジウム要旨集, KP19, pp.131-132 (2004).

    ・ 佐々木英史, 高橋由雅, "索引層の導入によるSOMの学習高速化と薬物構造類似性マッピングへの応用", 第32回構造活性相関シンポジウム要旨集, KP21, pp.137-140 (2004).

    ・ 内村尚弘, 加藤博明, 高橋由雅, 阿部英次, "タンパク質三次元モチーフ辞書管理システムの開発", 第32回構造活性相関シンポジウム要旨集, pp.129-130 (2004).

    ・ 藤島悟志, 高橋由雅, "TFS差スペクトルによる薬物構造データマイニング", 2004年度人工知能学会全国大会（第18回）論文集, 1F2-03 (2004).

    ・ 佐々木英史, 高橋由雅, "索引層を用いたSOMの学習高速化アルゴリズム", 2004年度人工知能学会全国大会(第18回)論文集, 1F2-04 (2004).

    ・ 有本繁弘，高橋由雅, "DNAミュージック：楽譜変換アルゴリズムの検討", 2004年度人工知能学会全国大会(第18回)論文集, 2G1-01 (2004).
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